Arpaçay'a nazır, koyağın hemen kenarında inşa edilmiş bu caminin, Emir Manuçehr tarafından yaptırıldığı söylenir. Emir Manuçehr, Kürt asıllı Şeddatlı sülalesinin Ani'yi 1072'den itibaren yöneten ilk mensubuydu.
Ancak, bu binanın yapım tarihi ve aslı, çok sayıda tartışmaya konu olmuştur, tartışmalar ki, mimari veyahut arkeolojik verilerden ziyade, Ermenistan ile Türkiye'nin milliyetçi çekişmelerinden kaynaklanır.
Kimisi (çoğu Ermeni olmak üzere), binanın Türk istilası öncesine ait olduğunu ve ilkin Bagratid döneminden bir köşk olduğunu ve daha sonra bir camiye dönüştürüldüğünü iddia eder.
Kral Aşot'un duvarına yakın konumu ve tahkimli görünüşüne dayandırılarak, yapının bir gümrük olduğu da iddia edilmiştir.
İnanılmaya layık olmayan bir başka Ermeni iddiası ise, yapının, bir yıkık kilisenin jamatunu olduğu ve kilisenin yıkımından sonra camiye çevrildiğidir. Bu iddiaların hepsi, aynı güvenilmez kaynaktandır - Türklerin (ve ardılları Kürtlerin), Ani'yi yönettikleri dönemde kalıcı yapı yapma kabiliyetine sahip olmadıkları inancı.
Başkaları (bunda Türkler başı çeker), bu yapının Türk istilasından hemen sonra yapıldığını iddia eder - bu da bu yapıyı, Anadolu'daki en eski süregelmiş cami yapar.
Yine başkaları, yapının cami olarak inşa edildiğini fakat daha sonraki bir döneme ait olduğunu önerir, çünkü iç mimarisi 12nci ve 13üncü yüzyıl binalarınınkine benzer.
Caminin giriş cephesi, 19uncu yüzyılın sonuna doğru yıkılmıştı, ama cami, 1906'ye kadar yakında oturan köylüler tarafından kullanılmıştır. O sene, cami, Nikoli Marr'ın kazı bulgularını barındırmak üzere bir müzeye çevrilmiştir. Binayı takviye maksadıyla, kuzeybatı tarafındaki çatı kemerleri duvarla kapatılmıştır. Bu duvarlar, aşağıdaki planda gri gösterilmiştir.
Bu küçük müze Birinci Dünya Savaşı'nda muhtemelen yağmalanmıştır. 1990'ların sonlarına kadar dahi, muhtemelen sergi vitrinlerinin parçalanmasından yerde cam kırıntıları görmek mümkündür ve caminin dibinde, pencerelerden fırlatılmış olması olası heykellerin parçaları vardır.
1999 'restorasyon'u, caminin içinden başlamıştır (ve yer yeniden döşenmiştir), ve ertesi yıl, yıkık duvarları örme çalışmaları başlatılmıştır.
Yapının İncelemesi
Binanın hizası, bir cami için normal değildir (20 derecelik sapma mevcuttur). Geniş bodrum katı, büyük pencereleri, ve tasarımının birçok ögesi, camilerde tipik değildir. Birçok Ani ziyaretçisi, yapının daha ziyade 19uncu yüzyıl Kraliçe Viktorya dönemi pamuklu bez fabrikasına benzediğini söyleyerek şakalaşır.
İçerisi, ilkin, beş büyük, kemerli pencere ile aydınlanan açık dikdörtgen holü kapsıyordu. Koyağa dönük dış cephede, pencerelerin altında, dışta bir zamanlar bir tahta balkon olduğunu ima eden direk yuvaları vardır. Bu pencerelerin üstünde ise, amaçları, süslü tavanı aydınlatmak olan dikdörtgen açıklıklar vardır. Bunlar gibi üst pencerelere, bazı Osmanlı evlerinde (özellikle Kayseri civarında) sıkça rastlanır. Çatı, iç hacmi on bir bölmeye ayıran altı bağımsız sütunla desteklenmiştir. Bugün, bu bölmelerin sadece altısı ayaktadır. Bölmelerin her birinin tavanının tasarımı, diğerlerinkinden farklıdır ve polychrome (çok renkli) taş kakma ile zengince süslenmiştir.
Kısa ve kalın sütunlar, 1030 tarihli olduğu düşünülen Horomos Manastırı'nın holünde bulunanlara çok benzemektedir, ama bunlara 12nci ve 13üncü yüzyıllarda da rastlanır.
Koyağa bakan dört güneydoğu bölmelerinin altında, kendisi de dört bölmeli bir bodrum katı vardır. Bodrumun kuzeybatı duvarı, binanın geri kalan kısmından daha eskidir, çünkü bodrumun mahzenleri, ona yapışık değildir, sadece ona dayalıdır.
Caminin kuzey köşesinde, kuzey cephesinin tepelerinde bir yerde Kufi harflerle 'Bismillah' yazan, yüksek sekizgen minare vardır. Minarenin konumu, camiye göreceli olarak uyumsuzdur ve bu da minarenin, caminin yapımından önce veyahut hemen sonra yapıldığını ima eder.
Minarenin tepesine, bir sütunun etrafında dönen dik merdivenle çıkılır. Tepesi, günümüzde tamamen açıktır; ilk haliyle belki de taş korkuluk vardı.
Ermeni Bagratid Kralı III. Aşot 961 yılında başkentini Kars'tan Ani'ye naklettiğinde, Ani belki de iç kale etrafında toplanmış bir hisar kasabasından fazla bir şey değildi.
964 yılı civarında Aşot, alanın en dar mevkiine, iç kalenin altına ve biraz kuzeyine yeni surlar inşa ettirmiştir. Aynı yol üzerinde önceden de bir topraktan duvar olmuş olabilirdi, çünkü yeni surlar, toprak sete inşa edilmişe benzer. Aşot'un duvarının yedi adet yarım daire kulesi vardır ve bu sur, Manuçehr Camii'nin yanında biter. Her kulenin içinde birer şapel olduğu söylenmiştir.
Ani o kadar çabuk gelişmiştir ki, daha kuzeydeki daha büyük dış surlar 989 yılında tamamlanmıştır. Aşot'un duvarları muhtemelen zamanla kullanımdan düşmüştür. Nikoli Marr'ın kazılarından önce, yerin üstünde sadece birkaç toprak yığını olarak görünürlermiş.